1958年12月，中国科学院广州土壤研究所成立，由华南农学院土化系教授陆发熹任所长，所址设在华南农学院土化系内。

1960年底，中国科学院广州分院与武汉分院合并为中南分院，广州土壤研究所更名为中南土壤研究室，所隶属于中南分院。

1961年全室职工63人。

1963年2月，中南土壤研究室迁至广州飞鹅岭。全室设立四组：（1）土壤地理组；（2）土壤物理组；（3）土壤微物组；（4)土壤化学组。另有试验农场200亩。

1966年文化大革命开始，土壤研究室的科研工作基本上被迫停止。

1978年恢复中南土壤研究室，后改名为广东省土壤研究所。

1980年所址迁至广汕公路旁的马路岗（即现所址）。 

1996年改名为广东省生态环境与土壤研究所。

2016年更名为广东省生态环境技术研究所。

2020年更名为广东省科学院生态环境与土壤研究所。

（更新时间：2023年6月）