为了培养资源、生态和环境等领域的专业人才，增强其专业理论基础和实践能力，提升研究生的独立思考能力和钻研精神，研究所先后与中科院广州地球化学研究所、华南理工大学、广东工业大学、华南农业大学、广州大学、福建农林大学、山西农业大学、新疆石河子大学等科研院所和高校联合招收研究生或设立研究生培养基地。目前，研究所有硕士研究生导师28名，博士研究生导师6名。自2005年以来累计培养了硕士研究生169名，博士研究生57名。经过研究所的培养，部分优秀研究生已成为各自领域的科研骨干和带头人，2007年毕业的刘承帅博士，入选了2016年度国家青年拔尖人才；2008年毕业的刘同旭博士，获得了2016年国家优秀青年基金；2009年毕业的陶亮博士和李晓敏博士，分别获得了2016年度、2018年度广东省自然科学杰出青年基金，2014年毕业的祝贞科博士，获得了2019年度湖南省优秀青年基金。